Les obres de construcció de Sant Martí del Canigó van començar cap a l’any 997, per iniciativa de Guifré II de Cerdanya, comte de Cerdanya i del Conflent i besnét de Guifré el Pilós. L’objectiu era d’establir-hi una comunitat de monjos benedictins, i els primers vingueren des de l'abadia veïna de Sant Miquel de Cuixà.
Les donacions dels comtes de Cerdanya impulsaren, ràpidament, el creixement de l'abadia. Tanmateix, el 1049, va morir el comte Guifré II, i aquesta comença ràpidament a declinar. A partir del segle XII, va ser sotmesa a l'abadia de la Grassa en el departament de l'Aude, però els monjos benedictins de Sant Martí del Canigó en rebutjaren l'autoritat. Això va desencadenar una expedició punitiva ordenada per l'abat de l'abadia de la Grassa, que va provocar el saqueig del monestir. Finalment, el conflicte es va resoldre mitjançant l'arbitratge del papa, que no aturà, però, la decadència de l'abadia. El terratrèmol del 1428 va suposar un altre cop dur per al monestir, destruí les habitacions i en malmeté el campanar. La manca de recursos va dificultar-ne la reconstrucció, de manera que fou suprimit el pis superior, substituït per uns merlets.
De 1902 a 1932, el bisbe de Perpinyà Juli Carsalade du Pont [6] va portar a terme la reconstrucció de l'abadia, comprant-ne les ruïnes i aplegant-ne els elements dispersos per la regió que va poder. La compra del monestir es va fer a instàncies de Jacint Verdaguer, amic[7] seu, i gràcies als donatius de milers de catalans dels dos costats del Pirineu.
De 1952 a 1982, l'abat Bernat de Chabannes, monjo de l'abadia benedictina d'En Calcat (Dornha, departament del Tarn), va continuar la restauració del monestir i hi restablí la vida espiritual. (Viquipèdia).